Hylkema Consultants BV  bestaat sinds november 1990. In de eerste jaren waren hoger onderwijs en (interim-)management belangrijke onderdelen van de portefeuille. Mede door het directeurschap van de Rijksdienst voor de Monumentenzorg (1991-1993) groeide bij oprichter Ubbo Hylkema, historicus van huis uit, de passie voor monumenten, architectuur en stedenbouw. Het zwaartepunt in de werkzaamheden verschoof meer en meer in die richting, waarbij de opdrachten zeer divers van aard waren: beleids- en organisatieadvies aan overheden en andere organisaties in de publieke sector, (inhoudelijke) bouwdirectie en het oplossen van vraagstukken rond de financiering van restauratie en herontwikkeling voor overheden en particuliere opdrachtgevers. In de jaren na 1998 kwam daar ook een meer directe sturing bij van planvorming- en uitvoering van restauraties, bouwplannen en stedenbouwkundige ontwikkelingen.
Met de komst van Dixie Scholt in het bedrijf (1994-2003) werden ook projecten uitgevoerd op het gebied van interieurontwerp en –inrichting en werd de bureauorganisatie verder geprofessionaliseerd. In de periode 2002-2010 was Cor Wijn verbonden aan het bedrijf als tweede vennoot. Met zijn komst breidde het werkterrein zich verder uit in de richting van (advisering over) gemeentelijk kunst- en cultuurbeleid en stedelijke culturele ontwikkeling. Tussen 2002 en 2004 maakte het bureau een gestage groei door, zowel wat betreft aard en omvang van de werkzaamheden als wat betreft de personele bezetting. Met ingang van 2005 is bouwhistoricus Reinoud Pince van der Aa, die eerder op ad hoc-basis al aan het bedrijf verbonden was, tot de vaste staf van Hylkema Consultants gaan behoren.

Het toetreden tot de vennootschap van Jan van Zelst (in 2005) betekende een verdere verbreding van de activiteiten op het gebied van de functieverandering van monumenten.